2012年8月，高教司推荐清华学堂人才培养计划作为高等教育人才培养模式改革典型，并收入“中国教育前沿丛书”《高等教育人才培养模式改革》一书。同时被推荐为教育部教育改革先进典型。该计划的两位首席教授姚期智、施一公被推荐为教育部教育改革先进典型。